Цитата
Это почему же?

Жизнь заставила.
Цитата
Либо она попала туда уже будучи замужней, либо прожила в браке всего год?

Цитата
Чарльз пропал в 1979, его не было 9 лет... 1979+9=1988, но ведь во втором сезоне 1998 год?!

Это вопрос отсчета.

Почему все решили, что Чарльза не было 9 лет?

Он 9 лет добивался возвращения.

Если его отправили на миссию прикрытия под чужим именем (как к примеру, Петрозиана), то, наверное, не для того, чтобы сразу же возвращать. Он же должен был и войти в доверие, и поработать.
Предположим, что он 10 лет работал вполне успешно, возможно даже задумывался о возвращении, а потом от него "перестали поступать" сообщения и не поступали 9 лет, на протяжении которых он продолжал примерно трудиться, а Шеф делать вид, что его нет. И все становится на место.